Détecté pour la première fois en Afrique du Sud, le nouveau variant du Coronavirus, Omicron, continue sa randonnée mondiale. Le Sénégal a enregistré son premier cas en fin novembre, suite au séquençage du prélèvement d’un voyageur sortant par l’Institut de recherche en santé, de surveillance épidémiologique et de formation.
Pour suivre l’évolution du virus, cet institut a mis en place un laboratoire de génomique avec un matériel de dernière génération. Dakaractu y a effectué une plongée inédite.
Composé de quatre blocs dont chacun joue un rôle spécifique, c’est ici que se fait le séquençage de plusieurs micro-organismes. Actuellement, le coronavirus est l’une des priorités de la dizaine d’hommes et de femmes mobilisés pour traquer ses différentes manifestations. Responsable du laboratoire de Génomique, le biologiste Abdou Padane nous explique le sens du séquençage. « Le séquençage est une méthode de caractérisation des micro-organismes. C’est comme une identification, quand on appelle une personne par son nom et son prénom et qu’on l’associe à un groupe. Dans le cadre du SARS COV-2, le séquençage est très important parce que ça nous permet d’identifier les variants. Le séquençage est important parce que ça permet aussi de donner rapidement l’information aux autorités médicales, aux cliniciens pour réajuster les prises en charge et les méthodes de prévention », détaille le biologiste depuis l’extérieur.
Son équipe bien formée aux technologies les plus récentes n’agit pas en premier ressort. Les prélèvements qui y sont acheminés leur viennent du laboratoire de la biologie moléculaire où est inactivé le virus et testé à la RT-PCR. Ce travail fait, seuls les positifs sont susceptibles d’intéresser le laboratoire de génomique. Il est important de noter que tous les échantillons positifs ne font pas l’objet de séquençage. « Il faut d’abord que l’échantillon soit positif. On fait la confirmation par la PCR qui est la technique de référence pour le diagnostic du SARS COV 2. Dès que c’est positif, on a un algorithme (des critères d’inclusion pour que cet échantillon testé positif au coronavirus puisse être séquencé). Il y a ce qu’on appelle le CT, c’est-à-dire le seuil. Quand on prend l’échantillon, il y a la concentration virale ou bactérienne de cet échantillon-là. Dans le cadre du sars-cov-2, il faut qu’il y ait assez de matériel génétique. C’est ce qu’on appelle le CT. On s’est dit que pour qu’on puisse séquencer, il faut que le CT soit inférieur à 35. Dès que c’est le cas, on le met dans notre algorithme de séquençage habituel qui suit le processus », précise le Dr Abdou Padane.
Transportés au laboratoire de Génomique, ces échantillons sont soumis à une nouvelle PCR pour maximiser l’acide nucléique. Dans cette phase, les techniciens procèdent à la rétrotranscription en transformant l’ARN en ADN.
Cette préparation doit être suivie par l’incubation qui se fait à travers des thermocycleurs avec une durée maximale de 3 heures de temps. Au terme de l’incubation, il est temps de passer au séquençage dans ce qu’on peut appeler la salle 3. Un processus aussi diversifié qu’important se met en place. Quantifiés, les produits qui doivent être séquencés seront présentés à proportion égale en terme de concentration. C’est ce qu’on appelle la PCR Dilution.
Ensuite, survient l’étape d’étiqueter chaque échantillon par un barre-code pour les besoins d’identification. Auparavant, les bouts de fragments d’ADN auront été réparés. Mis dans un seul tube avec zéro chance de confondre les informations de chaque individu, le laborantin procède au lavage qui consiste à enlever toutes les impuretés qui pourraient accompagner les fragments d’ADN.
Ensuite, il place le Flow cell dans le GridIONx5 qui peut lancer jusqu’à 5 Flow cell de 24 à 48, voire 96 échantillons. L’heure est venue de programmer la machine. Attendu dans 15 heures de temps, le résultat est lu dans un autre bloc, la salle de Bio-Informatique où nous reçoit Khadim Guèye.
Presque dissimulé par deux grands écrans, il revient à ce jeune bio-informaticien de faire toutes les analyses nécessaires sur la bio-informatique. « Après séquençage, on prend les données, on fait le nettoyage et l’assemblage. Puis on détermine la qualité de séquençage et le type de variant, à savoir est-ce qu’on a un Delta, un Alpha ou un Omicron », explique-t-il.
Les résultats qui s’affichent sur son ordinateur et qui font état d’au moins de la présence de plusieurs variants Omicron et de Delta sont partagés avec la planète pour confirmation.
La mise en place de cette plateforme traduit la vision du Professeur Souleymane Mboup qui a compris que « sans la génomique, on ne peut pas avancer en matière de microbiologie parce que c’est ce qui détermine beaucoup de facteurs. »
« C’était un support très important pour le ministère de la santé publique. Juste pour donner l’exemple de ce qui est fait en matière de covid-19. Nous faisons tout ce qui est nécessaire quand nous avons des prélèvements positifs. Depuis le départ, nous avons fait une requête au comité éthique national pour ce genre d’activités. Si nous avons des positifs, nous faisons la démarche nécessaire pour savoir si c’est Covid-19, mais nous déterminons le variant qui est en cause. C’est ce que nous faisons régulièrement. Au début, on avait beaucoup de prélèvements et on le faisait toutes les deux semaines mais maintenant avec le nombre de prélèvements qui n’est pas très important, nous essayons de le faire de manière très rapprochée. À l’heure actuelle, ce laboratoire a permis d’identifier 20 cas de variant Omicron. Quand nous identifions les cas, nous les soumettons à Gisaid ou tous les cas sont vérifiés. Après, nous informons le ministère de la Santé. C’est au ministère de faire toutes les enquêtes nécessaires concernant ces différents cas », ajoute le président fondateur de Iressef.
Ce défi relevé chez lui, il met l’accent sur la formation pour participer à la vulgarisation de la génomique dans la sous-région.